당진교육지원청은 충청남도교육청에서 발표한 2012년도 청렴기관 인증 평가 결과 군 지역(2011년 기준) 교육지원청에서 1위로 평가돼 청렴인증기관으로 선정됐다.
청렴기관 인증제는 도교육청이 청렴도 향상을 위해 지난해 1월부터 시행하는 종합청렴관리시스템으로 ▲비대면 전자 입찰·계약·청구 실적 등 업체선정의 투명성 정도 ▲공무원 행동강령 등 청렴 교육이수와 직장교육 실적 ▲클린 콜센터(Clean Call-Center)운영을 통한 내·외부 고객 만족도와 친절도를 평가해 선정된다.
한편 당진교육지원청은 지난 2011년 국민권익위원회 청렴도 평가에서 전국 169개 교육지원청 중 14위, 충남 15개 교육지원청 중 2위를 차지하여 우수기관으로 선정된 바 있다.