사전대책
논·밭두렁과 제방 등이 붕괴되지 않도록 사전에 점검 및 정비를 실시한다. 배수로 잡초제거 및 배수시설 정비로 원활한 배수를 유도한다. 집중호우 예보가 있을 때는 미리 논두렁에 물꼬를 만들되 비닐 등으로 피복해 붕괴를 방지한다. 침수 상습지역은 질소질을 20~30% 감량하고 칼리질은 20~30% 증시한다.
사후대책
침수 및 관수 논은 서둘러 잎 끝만이라도 물 위에 나올 수 있도록 물을 뺀다. 물이 빠질 때는 벼의 줄기나 잎에 묻은 흙 앙금과 오물을 제거한다. 물이 빠진 후에는 새물로 걸러대기를 실시해 뿌리의 활력을 증진시킨다. 침수 및 관수된 논은 도열병, 흰잎마름병, 벼멸구 피해 등이 우려되므로 병해충을 예방토록 한다.
본답 관리
여름철 비가 오는 기간이 많을 경우 일조시간 부족으로 벼가 웃자라 연약해질 우려가 있다. 따라서 병해충 관리를 철저히 해야 한다. 일찍 심은 조생종 벼의 경우 이삭거름은 이삭 패기 15일전에 10a당 1.8kg 주거나 N-P-K복합비료(18-0-18)의 경우 10a당 10~11kg을 주도록 한다.
산간고랭지, 거름기가 많은 논, 잎도열병이 발생한 논이나 이삭거름 주는 시기에 비가 자주 올 경우에는 질소질 거름은 주지 않고 칼리질 비료만 줘야 한다. 새끼 치는 시기의 초반에는 일반적으로 중기 제초제를 주는 시기이므로 논바닥이 노출되지 않도록, 충분한 깊이의 물 높이를 유지해야 한다.
이후 잡초 발생 정도를 감안해 물 깊이를 2~3cm 깊이로 얕게 유지해 참 새끼를 빨리 잘 치도록 돕는다. 이 시기에 물을 깊게 대면 가지치기가 억제되거나 늦어지며, 벼가 연약하게 자라서 병해충에 대한 저항력이 약해질 수 있다. 또한 헛새끼가 많을 때는 영양분 소비, 햇빛 차단, 벼 해충 발생 조장 등으로 벼가 연약하고 생육이 불균일해 도복의 원인이 되므로 쌀 생산성 및 품질을 저하시킬 우려가 있으니 주의해야 한다.
일찍 심어 참 새끼치기가 끝난 논은 중간 물 떼기를 실시한다. 중간 물 떼기의 시기는 이삭 패기 전 40일부터 30일 사이에, 배수가 좋은 사양토는 5~7일간 논바닥에 가벼운 실금이 갈 정도로 하고, 배수가 잘 안 되는 점질토양에서는 7~10일 정도 비교적 강하게 배수를 실시해서 금이 크게 가게 해야 한다.

