뿌리가 충분히 뻗지 못한 포장에서 토양이 얼었다가 녹을 때 서릿발 피해가 발생한다. 세심히 관찰해 솟구쳐 올라온 마늘과 양파는 즉시 땅을 잘 눌러줘야 한다. 또한 뿌리부분이 완전히 묻히도록 흙을 덮어주게는 좋다.
양파의 경우 2월 중하순에 10a 당 요소 17kg과 염화가리 5kg을 섞어 웃거름을 주고, 쪽파는 초장 10cm가 되면 양파와 같은 비율의 웃거름을 준다. 난지형 마늘의 경우에는 2월 하순 경 10a 당 요소 17kg과 황산가리 13kg을 주면 된다.
주요 병충해 방제에도 신경써야 한다. 노균병은 연약하게 자란 포장이나 물빠짐이 불량한 곳에서 심하게 발생한다. 2월부터 적용약제를 살포해 피해를 사전에 예방하고 수확후 병든 잎이나 줄기는 방치하지 말고 모아서 태워야 한다.
춘부병은 식물체에 상처가 나거나 해충의 피해를 받은 경우 감염된다. 물빼기를 철저히 해주고 해충을 방제한 뒤 돌려짓기를 실시한다.
뿌리응애의 경우 유기질이 많은 포장에서 월동 이후 기온 상승과 함께 급격히 번식한다. 뿌리가 떨어지고 마늘 속까지 부패하며 피해마늘은 쉽게 뽑히는 경향이 있다. 월동전에 피해를 받은 포장은 다시 발생하기 쉬우므로 방제를 철저히 해야 한다.
